据了解，《预算法》修正案（草案）在相关问题调研时，支持删除人民银行经理国库规定的意见指出，历史上，由于财政部门没有设立专门的国库管理机构，才暂时规定由人民银行经理国库，随着财政部门内设机构的健全和财政改革的不断深化，应明确由人民银行代理国库（而不是经理国库）。但这一调整也引发了不少争议。有不少学者建议，好的国库资金管理制度必须将“决策、执行权”和“现金、账户管理权”相分离，绝对不宜合并在一个行政部门内部。而国库业务由“央行经理”在经历了长期的实践检验后，已经证明可以合适地将上述两权相分离，是目前行之有效的国库体制模式。中国央行国库局局长刘贵生表示，“财政部相当于国库的‘会计’，人民银行相当于‘出纳’，《预算法》修正案的这种规定，等于是将会计和出纳都委任给财政部，这显然是不合理的。”这一修改实质上削弱了央行在国库管理体制中的地位，强化了财政部门的作用。据了解，该修正案草案是国务院法制办在全国人大常委会预工委和财政部起草的征求意见稿基础上修订成型。

在中国的国库管理中，财政部门是国库资金管理主体，代表政府管理库款；央行是财政库款的开户银行，具体经理国库。财政部门向国库下达拨付指令，央行管理监督国库资金的收支拨付。然而，近日修订后的“预算法”删除了实施近30年的央行“经理国库”的制度性条款。这也意味着，此前财政部与央行在国库管理中分工合作、相互制衡的机制化为乌有。